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クリニック経営 成功への道

クリニックを医療法人化するタイミング

クリニックを医療法人化するタイミング。医科専門の公認会計士が「現場感覚」でわかりやすく解説

はじめに:医療法人化は「いつするか」がとても大事

クリニック経営が軌道に乗ってくると、多くの院長先生が一度は考えるのが「うちもそろそろ医療法人化したほうがいいのだろうか?」というテーマです。

ただ、実際に医療法人化のご相談を受けていると、

  • 「どのくらい利益が出たら医療法人にすべきか分からない」
  • 「節税になると聞く一方で、デメリットもあると聞くので不安」
  • 「分院や介護事業も頭にあるが、タイミングが掴めない」

といった声が非常に多く、“判断のものさし”が見つからないまま悩んでいる先生が多い印象です。

本コラムでは、医科クリニック専門の平井公認会計士事務所としての実務経験をもとに、

  1. 医療法人化を検討すべき“タイミングの目安”
  2. 医療法人化の主なメリット
  3. 医療法人化の主なデメリット
  4. どんなクリニックが向いているか

を、できるだけ専門用語をかみ砕きながら解説していきます。メリットだけを考慮して医療法人化すると、先生の手取りが反対に減ってしまい「失敗した」と感じることもあるため、本記事をしっかり把握していただけたらと思います。

なお、本記事で結論的にお伝えする

「年間所得1,500万円を超えたら検討価値が高い」

というラインは、世の中の“絶対的な基準”ではなく、私(平井)が先生の世帯収入や税額などのシミュレーションをした結果や支援経験から導いている“実務上の目安”である点をあらかじめ明記しておきます。

医療法人化をご検討中の先生、このコラムを読んだけれども「よくわからなかった」という先生は、平井公認会計士事務所までお気軽にご相談ください。

タイミングの目安①
クリニックの「所得」が年間1,500万円を超えてきたとき

「利益」と「所得」の整理

まず、言葉の整理から簡単にしておきます。

  • 売上
    レセプト、自費診療、健診などの総収入
  • 経費
    診療材料費、スタッフ給与、家賃、水道光熱費、減価償却費など
  • 利益(≒所得)
    売上 - 経費

厳密には「利益」と「所得」は異なる概念ですが、院長先生の感覚に近い形でお話をするため、このコラムでは利益 ≒ 所得として読み進めていただいて問題ありません。

そのうえで、私自身は、

年間の所得(利益)が1,500万円を超えてくると、医療法人化を検討する価値が高いケースが多い

と考えています。

繰り返しになりますが、これは私の経験・試算に基づく一つの目安です。

所得税は「累進税率」:所得が増えるほど税率が高くなる

日本の所得税は累進税率といって、所得が増えるにつれて税率が高くなる仕組みです。国税庁

そのため、

  • 最初の数百万円には低い税率
  • 一定のラインを超える部分には高い税率

というように、“後半の所得ほど高い税率で課税される”イメージになります。

国税庁のホームページ「No.2260 所得税の税率」には、所得税の速算表が公開されています。

実際の申告では、各種控除なども絡みますが、税率のイメージとしては次の表が分かりやすいと思います。

所得税の速算表(抜粋)

国税庁の速算表(令和6年分以降も同構造)をもとにした、所得税の速算表のイメージは以下のとおりです。

課税される所得金額(※1,000円未満切捨て) 税率 控除額
1,000円 ~ 1,949,000円 5% 0円
1,950,000円 ~ 3,299,000円 10% 97,500円
3,300,000円 ~ 6,949,000円 20% 427,500円
6,950,000円 ~ 8,999,000円 23% 636,000円
9,000,000円 ~ 17,999,000円 33% 1,536,000円
18,000,000円 ~ 39,999,000円 40% 2,796,000円
40,000,000円 以上 45% 4,796,000円

※正確な内容・最新の情報は、必ず国税庁公式サイトでご確認ください。

「所得1,500万円」のとき、実際の所得税率は何%か?

ここで、先生のクリニックの所得が1,500万円だと仮定して、実際に計算してみます。

所得1,500万円は、先ほどの表でいうと「9,000,000円~17,999,000円」の帯に該当しますので、

  • 税率:33%
  • 控除額:1,536,000円

となります。

速算表のルールに従うと、所得税額は次の式になります。

所得税額 = 所得金額 × 税率 - 控除額

今回のケースでは、

  1. 所得税額の計算
    • 1,500万円 × 33% = 4,950,000円
    • 4,950,000円 - 1,536,000円 = 3,414,000円(所得税額)
  2. 実効所得税率の計算
    • 3,414,000円 ÷ 15,000,000円 = 約0.2276(22.76%)

したがって、

所得1,500万円のとき、所得税だけを見た実効税率は約22.76%

となります。

ここに住民税(概ね一律10%程度)が加わると、

約22.76% + 10% = 約32.76%

が、「所得1,500万円のときの個人トータルの税負担の目安」というイメージになります。

最高税率は「所得税45%」+「住民税10%」=最大55%

税率のいちばん高い帯では、

  • 所得税率:最大45%
  • 住民税率:おおむね10%

となるため、

最大で約55%の負担となり得る

という構造になっています。

院長お一人に所得が集中すると、この高いゾーンにどんどん突入していくため、ある時点から医療法人化による所得分散(役員報酬の振り分け)を検討する価値が高まるというわけです。

タイミングの目安②
概算経費(措置法26条)が使えなくなるライン

「概算経費」とは?(租税特別措置法26条)

医師(個人)が使える大きな特例として、租税特別措置法第26条に基づく「社会保険診療報酬の概算経費」の制度があります。

これは、

社会保険診療報酬について、実際の経費額ではなく、国が定めた“経費率の表”に従って必要経費を概算で計上してよい

という特例です。

本来であればレセプトに対応する細かな経費を全部集計しなければならないところを、一定の割合+一定額を掛けるだけで済むため、医師側の事務負担を軽くする目的もあります。

概算経費率の「根拠表」(措置法26条に基づく速算表)

概算経費率は、租税特別措置法26条に基づく通達や様式(青色申告決算書付表など)に、以下のような形で示されています。

■ 社会保険診療報酬に係る概算経費率の表

年間の社会保険診療報酬(A) 概算経費の計算式
2,500万円以下 A × 72%
2,500万円超~3,000万円以下 A × 70% + 50万円
3,000万円超~4,000万円以下 A × 62% + 290万円
4,000万円超~5,000万円以下 A × 57% + 490万円

概算経費の具体例:4,500万円のケース

たとえば、

  • 年間の社会保険診療報酬:4,500万円
  • その部分に対応する実際の経費:2,500万円

というケースを考えてみます。

この場合は、上の表の「4,000万円超~5,000万円以下」の行を使いますので、

概算経費 = 4,500万円 × 57% + 490万円=3,055万円

実際の経費は2,500万円なので、

  • 概算経費:3,055万円
  • 実際の経費:2,500万円
  • 差額:555万円

のぶんだけ、多く経費を計上できることになります。

その結果、課税される所得は555万円分少なくなり、そのぶん税金も減るというイメージです。

概算経費が使えなくなるとき:5,000万円・7,000万円ライン

ただし、この概算経費の特例には条件があります。

  • 社会保険診療報酬が年間5,000万円以下であること
  • 社会保険診療報酬と自由診療を合わせた総収入が7,000万円以下であること

これらの条件を超えると、

  • 概算経費が使えなくなる
  • これまで「多めに」計上できていた経費が使えなくなる
  • 結果として所得が大きく増え、税額が飛び上がる

といった事態が起こり得ます。

このため、

  • 社会保険診療報酬が5,000万円に近づいている/超えた
  • 総収入(社保+自費)が7,000万円に近づいている/超えた

というタイミングは、医療法人化を本格的に検討すべき一つの重要なポイントといえます。

タイミングの目安③
分院展開・介護事業など“次のステージ”を見据えたとき

次のようなケースでは医療法人化が必須になります。

  • 同じ医師が複数の診療所(分院)を持つ
  • デイサービス、訪問介護、老健など、多くの介護事業を運営する

こうした「医療+介護」「複数拠点」のようなステージに進みたい場合、個人では制約があるため、医療法人という“器”が必要になります。

  • 「将来的に分院を出したい」
  • 「医療と介護を一体的に提供したい」

といった構想が見え始めたときも、医療法人化を検討する大きなタイミングになります。

平井公認会計士事務所では、クリニックの分院や介護事業の検討の事業拡大のご相談や事業計画策定にも対応しているので、お気軽にご相談ください。

医療法人化のメリット(専門家の視点から整理)

ここからは、「タイミング」だけでなく、医療法人化の中身(メリット・デメリット)も整理しておきます。内容は、別コラム「クリニックの医療法人成りとは?法人化のメリット・デメリット」で扱っているものをベースに、要点をまとめています。

所得分散で節税しやすくなる(累進税率への対策)

医療法人になると、

  • 医療法人そのものの所得
  • 院長の役員報酬
  • 配偶者やご家族の役員報酬(実態が伴うこと前提)

というように、所得を分散させることができるようになります。

日本の所得税は累進税率ですから、院長一人に所得が集中するよりも、それぞれの所得を低~中くらいの税率ゾーンに分散できる、「結果として、グループ全体の税負担を抑えやすくなる」という効果が期待できます。

また、役員報酬には給与所得控除という“みなし経費”が自動的についてきます。

個人事業のままでは院長に「給与」という概念がなく、給与所得控除も使えませんので、法人化によって節税の幅が広がるケースが多いです。

院長や配偶者も使える福利厚生が増える

医療法人になると、

  • 社宅制度
  • 旅費規程(出張日当の非課税支給など)
  • 健康診断、人間ドック、予防接種
  • 慶弔金、資格取得補助、書籍購入費
  • スポーツジム等の福利厚生サービス

など、福利厚生制度を整備しやすくなり、院長やご家族も同じ条件で利用しやすくなります

特に、

  • 社宅制度:家賃の一部を法人負担にすることで、院長個人の実質的な手取りアップにつながる
  • 旅費規程:日当を非課税で受け取れるため、出張のたびに“税金のかからない報酬”を受け取れる

といった制度は、実務でもよく活用されています。

減価償却費を「任意償却」でコントロールできる

個人事業では、固定資産の減価償却費は必ず毎年計上しなければならない(強制償却)のに対し、法人では、一定の範囲で「今年は多めに償却する」「来年に残す」といった調整(任意償却)が可能です。

これにより、

  • 利益が出過ぎた年には償却を多めにして税負担を抑える
  • 利益が少ない年には償却を抑えて、赤字転落を防ぐ

といった税負担・決算数値のコントロールがしやすくなります。

赤字を10年間繰り越せる(個人は3年)

法人の場合、税務上の赤字(欠損金)は最長10年間繰り越し、将来の黒字と相殺することができます。

一方、個人事業の繰越控除は原則3年ですので、

  • 大きな設備投資
  • 大規模なリニューアル
  • 新規分院の立ち上げ

などで赤字が出た場合、法人の方が有利になる場合があると言えます。

院長に退職金を支払える(老後資金づくり)

医療法人では、役員に対して退職金を支払うことが可能です。

退職金は税制上優遇されており、

  • 同じ金額を現役時代の給与として受け取るよりも
  • 退職金として受け取った方が税負担が軽くなる

というケースが多くなります。

長期的には、院長ご自身の老後資金を効率よく準備できる仕組みになるため、「将来に向けた資産形成」という観点でも医療法人化の大きなメリットです。

分院展開・介護事業など事業の幅を広げやすい

先ほど触れたように、分院や多くの介護事業を手がけるには医療法人の形が必要です。

  • 複数クリニックの展開
  • デイサービス・訪問介護など介護分野への進出
  • 医療と介護の一体的提供

といった中長期プランを描いている院長にとって、医療法人化は“事業の器を広げる”ための前提条件になってきます。

消費税負担が一時的に軽くなるケースがある(自費の多いクリニック)

美容皮膚科・美容外科・自由診療中心のクリニックでは、消費税負担も重要な論点になります。

医療法人の1期目の期間設定や、一定の売上基準(自由診療売上などの消費税課税売上高1,000万円)との関係によっては、

  • 課税事業者となるタイミングを後ろ倒しにできる
  • 1年~1年数か月ほど消費税負担が軽くなる

といった効果が生じる場合があります。

ただし、このあたりは設立時期や売上見込みとの兼ね合いがシビアですので、個別の試算が必須です。

医療法人化のデメリット(ここを理解せずに進めるのは危険)

メリットだけを見ると「良いことばかり」に見えるかもしれませんが、実務的にはデメリットや注意点も非常に重要です。出ていくお金の負担を減らすための医療法人化が、反対に負担を増やすことに繋がりかねないためです。

厚生年金への加入が必須になり、負担が増える

医療法人になると、院長や一定の条件を満たすスタッフは厚生年金に加入することが義務になります。

国民年金だけだった頃と比べると、

  • 法人負担分
  • 個人負担分

の両方が増え、毎月の社会保険料の支出は大きくなるのが一般的です。

将来もらえる年金額が増える可能性はあるものの、短期的なキャッシュフローへの影響は見逃せません。

設立時の認可申請・手続きの負担とコスト

医療法人を設立するには、

  • 都道府県への医療法人認可申請
  • 保健所・厚生局への各種手続き
  • 法務局での設立登記

など、かなりの事務手続きと時間が必要になります。

書類作成自体は平井公認会計士事務所がサポートできますが、

  • スケジュールの制約(認可時期が限られている自治体もある)
  • 行政とのやり取り
  • 手数料・司法書士費用等のコスト

はどうしても発生します。

毎年の保健所への届出・法務局の登記が必要

医療法人は、毎年の決算後に、

  • 保健所等への決算書類の提出
  • 法務局での「資産の総額」の登記(毎年)
  • 役員変更登記(原則2年に1回)

などが必要です。

これらは個人事業にはない事務負担・コストであり、「思った以上に手間が増えた」と感じる院長もいらっしゃいます。

交際費には上限がある

「出資持分なしの医療法人」の場合、交際費について一定の制限があります。

「純資産額 × 60% > 1億円」を超えると、一部の交際費に損金算入の上限がかかる

といったルールがあり、個人事業と比べると自由度がやや下がる場面があります。

解散時には残った財産を寄附しなければならない(出資持分なし医療法人)

医療法人には、

  • 出資持分あり医療法人
  • 出資持分なし医療法人

という2つの類型がありますが、現在新たに設立できるのは「出資持分なし医療法人」のみです。

出資持分なし医療法人は、「解散時に残った財産を、一定の範囲の法人等に寄附しなければならない」という性質を持っています。

もっとも、実務では、

  • 役員報酬
  • 退職金

などを通じて残余財産をなるべく残さないように運営するのが一般的ですので、「すべて没収される」といったイメージで恐れる必要はありません。

「法人に利益を残す」と、手取りが一時的に減ることがある

節税のためには、

  • 法人にある程度の利益を残す
  • 院長個人への役員報酬を“ちょうどいい水準”に設定する

ことが必要になります。

その結果、「税金は確かに軽くなったが、院長の手取りが思ったより少なくなってしまった」というケースも起こり得ます。

特に、

  • 住宅ローン
  • 教育費
  • ご家族の生活費

など、個人の出費が多い時期には、医療法人化後の役員報酬の設計を慎重に行わないと、「節税したはずなのに手元に残るお金が足りない」という逆転現象が起こるので注意が必要です。

医療法人化に向いているクリニックの特徴

ここまでの内容を踏まえると、次のようなクリニックは、医療法人化に向いているケースが多いといえます。

  • 安定して年間1,500~2,000万円以上の所得(利益)がある
  • 社会保険診療報酬が5,000万円、総収入が7,000万円に近づいている
  • 今後、分院開設や介護事業を検討している
  • ご家族に適正な形で業務を手伝ってもらっており、役員報酬としてきちんと支払いたい
  • 老後資金・退職金を計画的に準備したい
  • 福利厚生を整えて、スタッフ採用・定着を強化したい

逆に、

  • 利益や資金繰りがまだ不安定
  • 将来の方向性が定まっていない
  • 院長ご自身の生活費・教育費で精一杯

という場合は、無理に法人化を急がず、まずは個人で基盤を整えるという選択も十分有力です。

「うちの場合はどうなのか?」を判断するには、個別シミュレーションが一番確実です

ここまで読まれて、

  • 「なんとなくイメージは掴めたが、自院に当てはめるとどうか分からない」
  • 「所得は1,500万円に届いていないが、来期以降の伸びを考えると迷う」
  • 「概算経費が外れそうで怖い」
  • 「法人化して本当に手取りが増えるのか不安」

と感じる先生も多いと思います。

実際のところ、

  • 個人のまま継続した場合の税金・社会保険・手取り
  • 医療法人化した場合の税金・社会保険・手取り
  • 設備投資・分院・介護事業などの将来計画

これらを並べて比較してみないと、「医療法人化した方が良いのか」「まだ待った方が良いのか」は見えてきません。

医療法人化のタイミング・メリット/デメリットをまとめて相談したい先生へ

平井公認会計士事務所では、医科クリニックに特化した税務・会計・医療法人化支援を行っています。

特に次のようなご相談を多くいただいています。

  • 所得が1,500万円前後になってきたが、法人化したほうが本当に有利か知りたい
  • 概算経費(措置法26条)が切れそうで、税負担がどれくらい増えるのか心配
  • 分院や介護事業を視野に入れているが、どのタイミングで医療法人にすべきか知りたい
  • メリットは分かったが、デメリットも踏まえて最適な選択がしたい
  • 役員報酬・退職金・福利厚生まで含めて、ライフプランと一体で設計したい

数は少ないですが、分院や介護事業を行いたいというクリニックからのご相談や事業計画策定にも対応しています。

《医療法人化タイミング診断・税額シミュレーションのご相談》

お問い合わせフォームからご連絡いただければ、

  • 現在の試算表・決算書をもとにしたシミュレーション
  • 「個人のまま」vs「医療法人化」の税金・社会保険・手取りの比較
  • ご家族の状況や教育費・住宅ローンなどを踏まえた役員報酬の設計
  • 分院・介護事業を見据えた中長期の法人設計

など、院長先生ごとにオーダーメイドのご提案をさせていただきます。

まとめ「所得1,500万円を超えたら医療法人化を検討する価値が高い」というのは、平井公認会計士事務所の実務経験に基づく一つの目安

  • 以上、まとめると次のようになります。所得税は累進税率で、最大は所得税45%+住民税10%≒55%
  • 概算経費(措置法26条)は、社保診療報酬5,000万円・総収入7,000万円あたりが重要なライン
  • 分院展開・介護事業など「次のステージ」を目指すなら、医療法人という“器”が必要
  • 医療法人化には、大きなメリットと同時に、厚生年金負担や事務負担などのデメリットも存在
  • 最終判断には、数字ベースのシミュレーションと院長先生ご自身のライフプランの両方が欠かせない

「所得1,500万円を超えたら医療法人化を検討する価値が高い」というのは、平井公認会計士事務所の実務経験に基づく一つの目安ですから、これだけでも覚えておいてください。「医療法人化」は、単なる節税テクニックではなく、先生のこれから10年・20年を左右する“経営と人生の選択”でもあります。

本コラムが、その判断材料の一つになれば幸いです。

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