持分なし医療法人の事業承継方法：トラブルを避け退職金を最大化する戦略
- 2026.05.1｜クリニック経営 成功への道
はじめに：持分なし医療法人の承継は「出口戦略」の設計で決まる
持分なし医療法人を設立しようとしている先生の中には、「持分なし医療法人だから、譲渡してもお金は一円も入ってこないのではないか」と考えている方もいます。
もし先生がそうお考えなら、それは大きな誤解です。
日本の医療法人制度は、平成19年4月1日の医療法改正を境に大きく変わりました。これ以降に設立された医療法人は、すべて「持分なし」という形態をとっています。それ以前から続く「持分あり」の医療法人の場合、退職金を支給することで出資持分の評価がある程度下がるのであれば、無理に持分なしへ移行せず、あえて「持分あり」のまま承継を選択するケースも少なくありません。
しかし、現在主流となっている「持分なし医療法人」においては、持分という「売買できる財産権」が存在しません。そのため、どうやって正当な対価（譲渡代金）として退職金を受け取り、かつ買い手の先生にスムーズにバトンを渡すべきか。ここには、一般の事業承継とは一線を画す高度な財務・税務戦略が求められます。
本コラムでは、持分あり／持分なしの違いや退職金の受け取り方、承継でのトラブルを避ける方法など、クリニック専門の平井公認会計士事務所が数多くの現場で実践してきた、「役員退職金と欠損金を活用した、三方良しの承継スキーム」の全貌を徹底解説します。
「持分あり」と「持分なし」の本質的な違いを再確認する
承継戦略を立てる上で、まずは先生ご自身が経営する医療法人が「持分あり／持分なし」のどちらかを正しく理解する必要があります。
持分あり医療法人（出資持分のある医療法人）
持分あり医療法人とは、出資者が、医療法人の純資産（資産から負債を引いた残りの価値）に対して、自分の出資割合に応じた「財産権」を持っている組織です。例えるなら、「解散したときに、残ったお金を自分の持ち分だけもらえる権利」がある状態です。そのため、承継時はこの権利を時価で「売買」することで対価を得ます。
持分なし医療法人（基金拠出型など）
それに対して持分なし医療法人は、出資者が医療法人の資産に対して一切の財産的権利を持ちません。たとえ内部留保が数億円あったとしても、解散時の残余財産は国や自治体に帰属します。そのため、「権利そのものを売る」ことが法的に不可能です。
では、持分なし法人の承継で、譲渡側はどうやって実質的な譲渡対価を得るのか？その唯一にして最強の解決策が、「役員退職金」を活用したスキームなのです。
持分なし承継の構造：社員の交代と「退職金の戦略的分配」
持分なし医療法人の承継は、実務的には「経営陣と最高意思決定機関の総入れ替え」によって行われます。
「社員」とは、クリニックを支える「株主」の地位
医療法人の最高意思決定機関は「社員総会」です。ここでいう「社員」とは、一般的に使う従業員（スタッフ）のことではなく、株式会社でいうところの「株主」に相当する地位の人を指します。
医療法人の承継とは、譲渡側の理事長とその親族などがこの「社員」の地位を退き、代わりに譲受側（買い手）が新しい「社員」および「理事」として就任することを指します。この地位の交代自体に、法律上の対価は発生しません。
理事長一人だけがもらうのは「損」である
譲渡する側の理事長は、退任時に医療法人から「役員退職金」を受け取ります。これが実質的な譲渡代金となります。ここで平井公認会計士事務所が推奨するのは、理事長一人だけでなく、共に退任する理事（親族医師など）にも退職金を分配する戦略です。
退職金には、所得税・住民税を大幅に軽減する優遇措置があります。しかし、一人が多額を受け取ると累進税率によって税負担が増してしまいます。累進税率とは、所得が高いほど税率が上がる仕組みのことです。
複数人に分散して支給することで、一人当たりの退職金金額を低く抑えることができるので、世帯全体での納税額を劇的に下げることが可能です。
私たちは、どのような按分（あんぶん）が最も手残りを最大化できるか、そして法人税法上で「過大な役員退職金」として税務署に否認されない適正な算定根拠（功績倍率法など）を精緻に検証し、エビデンスを構築します。
医療法人の買い手側のメリット：法人税負担ゼロ期間が創り出す「経営の加速」
この承継スキームの凄みは、医療法人の買い手の先生にも絶大なメリットがあることです。
「欠損金の繰越控除」という最強の節税
高額な役員退職金を支払うと、その年度の決算は大きな赤字（欠損金）となります。この赤字は翌年度以降に繰り越すことができるため、買い手の先生は承継後、数年間にわたって法人税等の支払いをしなくて済む状態を作り出せます。
承継初期は、銀行への借入金返済や設備投資でキャッシュが必要な時期です。この時期に法人税の支払負担がないことは、資金繰りにおいて計り知れないプラスとなります。
平井公認会計士事務所では、この「税金ゼロ期間」を考慮したキャッシュフロー表を作成し、買い手の先生の借入計画が真に妥当であるか、承継後の現金の出入りや残高を厳格にシミュレーションします。これにより、無理のない承継と、その後の安定経営を担保するのです。
「基金返還請求権」の譲渡：個人間売買のパズルを解く
「持分なし（基金拠出型）」の医療法人の場合、貸借対照表の純資産の部に「基金」という項目が存在することがあります。
基金は「先生が医療法人に貸しているお金」
基金とは、設立時に先生が拠出した「医療法人が返済義務を負う資金」であり、拠出者は「基金返還請求権」という債権を持っています。
この権利の譲渡は、医療法人の外で行われる「個人間の取引」です。そのため、買い手側は個人で十分な現金を用意するか、個人として銀行から借入を行う必要があります。
医療法人が借りて支払える「退職金」と、買い手個人が調達する「基金譲渡代金」。この二階建ての資金調達ルートを早期に確定させることが、承継をスムーズに完遂させるための絶対条件です。
不動産の盲点：事業用定期借地権の「残り期間」を死守する
クリニックが借地の上に建っている場合、医療法人の買い手側にとって最大のリスクは「あと何年ここで診療ができるのか」という点に集約されます。借地契約の期間が迫ってくると、立ち退きをしないといけない場合があるからです。
医療法人の承継後、新しい先生が「30年診療を続けたい」と考えていても、借地契約の残存期間が10年しかなければ、10年後には建物を壊して更地で返さなければなりません。
平井公認会計士事務所では、譲渡交渉と並行して地主様との対話を行い、契約の再締結や更新の確約、あるいは承継に伴う名義書換料（承諾料）の調整などをサポートします。この不動産リスクの精査を怠ると、承継後にクリニックの存続そのものが危ぶまれることもあり、承継後にトラブルに発展することもあります。
実務のディテール：車両、貸付金、賞与の「1円の妥協もない精算」
大局的な契約だけでなく、泥臭い実務の精算こそが、承継後のトラブルを防ぐ鍵となります。よくあるトラブルは、理事長が日常的に使用している車両の譲渡、スタッフの賞与、退職金の源泉所得税です。
① 車両の「時価」譲渡の重要性
理事長が日常的に使用していた車両を、退任後も個人で乗り続けたいという要望は多いです。この際、車両はあくまで医療法人の資産なので、「タダで持っていく」ことはできません。中古車市場価格等を参考に適正な時価を算定し、医療法人から個人への譲渡契約書を作成して売買を行います。
この売買代金は退職金と相殺することも可能ですが、会計上・税務上の処理を曖昧にすると、後に税務調査で「役員への賞与（寄付金）」とみなされ、多額の課税を受けるリスクがあります。
② 賞与の「理論的」な月割り負担
例えば9月に承継が行われる場合、12月に支給するスタッフの賞与はどうすべきでしょうか。医療法人の賞与が6月と12月に支給される場合、7月から9月までの3ヶ月分の労働に対する対価は、理論的には「譲渡側の経営期間」に発生したコストです。
この「譲渡した側が本来負担すべき賞与相当額」を計算し、譲渡代金（退職金額）から差し引いておくことで、新旧理事長間の不公平感を解消し、円満な引き継ぎを実現します。
③ 退職金の源泉所得税の「翌月10日の納税」を死守
退職金にかかる源泉所得税は期限があり、「支給した翌月10日まで」に納税しなければなりません。
ところが、承継時には顧問税理士が変更になることが多いため、この「引き継ぎの空白期間」に納税が漏れるという事故が実務上多発します。数千万円、数億円の退職金であれば、延滞税だけでも目も当てられない金額になります。
平井公認会計士事務所では、この納税書の作成から納付確認までを、最優先のチェック項目として管理します。
「時価純資産」の把握：保険の含み益を「見える化」する
承継額（退職金額）の算定において、帳簿上の純資産（簿価）だけで判断するのはプロの仕事ではありません。最大の盲点は「生命保険の含み益」です。
例えば、帳簿上の「保険積立金」が2,000万円であっても、実際の解約返戻金が4,000万円であれば、クリニックの価値は2,000万円上積みされるべきです。
平井公認会計士事務所では、保険証券一枚一枚から解約返戻金を算出し、含み益や未払賞与、さらには将来の不動産取得税などの潜在的債務まで考慮した「時価純資産」を算出します。この正確なモノサシがあってこそ、納得感のある譲渡が実現します。
クリニック経営支援ならクリニック専門の平井公認会計士事務所
持分なし医療法人の事業承継で、トラブルが少なく退職金を多くし、キャッシュフローを最大化する承継方法を解説いたしました。
持分なし医療法人の事業承継は、もはや単なる「事務」や「会計」の枠を超えています。
- 家族間・個人間の税負担を最小化する退職金の分配設計
- 承継後の「法人税ゼロ期間」を経営の追い風に変える財務戦略
- 車両、賞与、保険含み益、借地権まで、全方位的なリスク管理
これらを「数字の根拠」と「現場の経験」を持って完遂できるのは、医療専門の平井公認会計士事務所だけです。
医療法人の承継は、先生が心血を注いだクリニックの「集大成」であり、地域医療を次代へつなぐ聖域です。正当な対価を受け取り、かつ買い手の先生が希望を持ってバトンを受け取れるよう、私たちは医療専門の「軍師」として全力で伴走します。
「自分のクリニックの本当の価値を知りたい」 「誰に相談しても、持分なしの承継は難しいと言われる」
そうお悩みの理事長先生。その悩み、私たちに預けていただけませんか。平井公認会計士事務所が、先生の理想の承継を形にします。
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※ 医科特化のため、歯科の先生は原則対応しておりませんのでご了承ください
(受付時間：９：００～１７：３０ 土・日・祝を除く)
