【2026年】医療法人の税理士顧問料の適正相場！安さで選ぶと失敗する税理士選び
- 2026.02.5｜クリニック経営 成功への道
医療法人を設立させた先生は、税理士と契約をして会計や経理の業務の一部もしくは全てを委託していることと思います。医療法人の運営において、税理士は単なる事務作業の委託と思っている先生は多いことでしょう。
ところが、そういった考えで委託しているのであれば、少しもったいないと思います。なぜなら、税理士選びはクリニック経営の成否、そして院長先生の人生を左右する極めて重要な経営判断です。
しかし、すべての税理士が医療法人に精通しているわけではありませんし、顧問料の「相場」は不透明です。安易に顧問料の安さだけで税理士を選ぶと「適切な節税提案がない」「経営指導がない」といった事態を招き、結果として多額の現金を失うことになりかねません。
本コラムでは、医科クリニックに特化した平井公認会計士事務所が、医療法人の顧問料相場の真実を徹底解説。さらに、単なる経理作業代行を超えて、医療法人の安定経営を見据えた「クリニックのキャッシュを最大化し、円滑な承継を実現する」ための税理士の価値について、実体験に基づく深い視点から詳述します。
はじめに：医療法人の税理士選びが、なぜ「人生」を変えるのか
クリニックの経営が軌道に乗り、個人事業から医療法人へと改組（法人成り）すると、事務作業の複雑さは一気に増大します。それに伴い、税理士に支払う顧問料も、個人事業の時代より高くなるのが一般的です。
しかし、インターネットで医療法人専門の税理士顧問料の相場を検索しても、出てくる金額には大きな開きがあります。この理由は、医療法人の税務が一般法人と比較して極めて特殊であり、「どこまで深く経営に食い込むか」という支援の質によって、必要とされる工数が全く異なるからです。
そのような質の違いが分からず、「顧問料が安いから」という理由だけで契約した結果、決算直前に多額の納税を告げられたり、医療機器の購入時に適切なアドバイスがもらえず資金繰りに窮したり、あるいは親子間の承継で骨肉の争いに発展したり……。私は、そのような課題を抱える先生を、数多く見てきました。
本記事では、税理士選びで後悔しないための顧問料相場の見方と、医療専門の会計事務所だからこそ提供できる「数字の力」について、どこよりも詳しく解説します。
医療法人の税理士顧問料：2026年最新の相場と実態
まず、現在の市場における医療法人の報酬体系を整理します。昨今の物価高騰や人件費の増加に伴い、税理士業界全体の報酬水準も上昇傾向にあります。
【一般的な市場の相場（年商1億円～2億円程度）】
- 月次顧問料：5万円～10万円
- 決算料（確定申告）：月額顧問料の4ヶ月～6ヶ月分
- 年間合計： 80万円～150万円程度
最近では、医療に特化した大手事務所などでは、月額6万円～7万円を最低ラインに設定するケースが増えています。例えば、中部地方の医療特化型税理士法人では、医療法人に対する月額顧問料が95,000円からという設定も見受けられます。
【平井公認会計士事務所の価格体系】
当事務所では、売上規模や組織構成にもよりますが、月額顧問料70,000円から承っております。料金は他の税理士事務所と比べて安いですが、質が悪いわけではありません。後述する「記帳代行」や「高度な経営コンサルティング」を包含した価格であり、医療法人が必要とする高度な専門性を担保しながら、適正なコストパフォーマンスを実現するための設定です。
ここで非常に重要なのが、「その料金に何が含まれているか」という内訳の確認です。
注意すべきポイント：多くの会計事務所では、上記の「顧問料」や「決算料」とは別に、「記帳代行料（データの入力費用）」や「経営コンサルティング料」を別途請求、あるいは月次顧問料に加算する形を取っています。見積もりを見る際は、表面上の金額だけでなく、どこまでの実務を税理士側が担ってくれるのかを必ず確認しなければなりません。
用語解説：決算料（けっさんりょう）とは、1年間の経営成績をまとめ、税務署に提出する「確定申告書」を作成するための費用です。医療法人の場合は「資産の総額の登記」や保健所への「事業報告書（資産総額の変更登記後の届出等）」の提出も必要になるため、一般法人よりも工数がかかります。
「安価な顧問料」に隠された、経営上のリスク
「月額3万円で医療法人も対応します」という、一般的な税理士の相場よりもかなり格安の料金を設定している会計事務所も存在します。しかし、経営者である先生には、その価格が「なぜ安いのか」を冷静に分析していただきたいのです。安いには安いなりの理由があり、それは往々にして「先生の負担増」か「サービスの欠如」につながっています。
医療法人の運営で格安の税理士に依頼したときのデメリットは、
① 自計化（じけいか）の強要による、先生の「時間」の損失
安価な事務所の多くは、会計ソフトへの入力（記帳）をクリニック側で行うことを条件としています。多忙な診療の合間に、先生や奥様、あるいは事務スタッフが領収書を整理し、慣れない勘定科目を選んで入力する……。この作業には、膨大な時間と精神的エネルギーを消費します。
平井公認会計士事務所では、記帳代行を基本スタンスとしています。先生の時給を考えれば、月数万円の料金を惜しんで不慣れな事務作業に追われるのは、経営上大きな損失です。先生の貴重な時間は、経営判断や患者様と向き合うために使われるべきだと考えています。
② 「過去の報告」だけで「未来の提案」がない
安い顧問料の範囲内では、税理士は「過去の数字」をまとめる作業（代行業務）だけで手一杯になります。「今月はこうでした」という事後報告はあっても、「来期の納税予測はこうなるので、今月中にこの設備投資を行いましょう」といった未来への提案（コンサルティング）は期待できません。
経営とは、バックミラーを見て運転することではありません。フロントガラスから未来を見据えるための「数字」が必要なのです。税理士は、必ず未来の提案をしてくれるところを選ぶようにしてください。
③ 担当者のレベルとスピードの問題
人件費を削って低価格を実現している事務所では、一人の担当者が過剰な数のクライアントを抱えています。その結果、質問への回答が遅れたり、医療特有の税務知識（社会保険診療報酬の所得計算の特例など）に疎かったりするリスクが生じます。
当事務所では、1クライアントに対して最低2名の担当者がつき、スピード感を持って安定したサポートを提供できる体制を整えています。
平井公認会計士事務所が提供する「圧倒的な先読み」と「最適化」の技術
医療法人の経営において、税理士は「事務処理の外注先」ではなく「軍師（パートナー）」であるべきです。当事務所が提供している、実務に踏み込んだ支援の具体例を詳述します。
① 徹底した「納税予測」による資金繰りの安定
多くの事務所では、決算が終わってから納税額を伝えます。それでは、納税資金の準備も、有効な節税対策も間に合いません。
当事務所では、医療法人の決算3ヶ月前、2ヶ月前、1ヶ月前と、段階的に「納税予測」を行い、クライアントへ伝達します。「このままだと今期はこれだけの法人税が発生します」という事実を早期に共有することで、必要な消耗品の購入や設備投資、あるいは従業員への決算賞与支給など、時間に余裕を持った決算対策が可能になります。
もちろん、どのような対策をすれば良いかのアドバイスもしています。
② 法人個人全体を俯瞰した「役員報酬」の緻密なシミュレーション
当事務所では、医療法人の利益と、理事個人の所得・資金繰りを総合的に考慮したシミュレーションを行います。日本の所得税は「累進税率」です。役員報酬を高く設定しすぎると、最高税率55％（所得税・住民税）の世界に突入してしまいます。一方で、医療法人の実効税率はそれよりも低いため、安易に所得を個人へ移転させると、「法人・個人を合わせた世帯全体の手残り現金」が少なくなるという逆転現象が起こります。
しかし、法人と個人の利益分配は単に税金の安さだけで判断することもしません。
例えば、「理事のお子様が私立医学部に入学し、多額の入学金や学費が必要になる」といったライフイベントがある場合、たとえ個人の税金が高くなったとしても、必要な生活資金を確保するために役員報酬を高く設定することを検討します。
「税務上の有利不利」と「個人の生活資金の必要性」を天秤にかけ、最適な報酬額を導き出すのが当事務所のスタイルです。
③ 理事個人の「ふるさと納税」まで含めた事前設計
役員報酬の決定と連動し、理事個人の所得税・住民税についても並行してシミュレーションを行います。その一環として、「ふるさと納税の適正額シミュレーション」を年に数回（6月、10月、12月頃）実施します。
法人の利益と個人の報酬のバランスを完璧に把握しているからこそ、正確なシミュレーションを「事前」に行うことができます。
④ 医療機器投資の「回収期間」を数値化
医療法人では、高額な最新の医療機器を導入したり、既存の医療機器を更新したりすることがあります。そのときに大きなお金が動くことになり、預金があったとしても、場合によっては医療法人の資金繰りを圧迫してしまう恐れがあり、投資と考えていた医療機器が負債になってしまうこともあります。
そういったことで、「この最新機器、1,500万円するけれど買っても大丈夫だろうか？」と悩む先生に対し、当事務所では「預金があるから買えます」というような一般的な回答はしません。
診療報酬の単価、稼働見込み、材料費などを詳細にヒアリングし、「何年、何回の施術で投資額を回収できるか」を試算します。この根拠ある数字が、先生の決断を強力に後押しします。
これらのことを、先生の立場で考え、先生の人生に寄り添ったサポートを行っています。
医療法人化の実績：行政から信頼され、医師会が推奨する「質」の高さ
医療法人化は、クリニックにとって最大の転換点の一つです。しかし、その手続きの難易度は極めて高く、税理士の知見の深さや経験値によって結果が大きく異なります。
25件におよぶ医療法人成りの伴走（2026年1月現在）
当事務所では、これまでに25件の医療法人成りを完遂させてきました。特筆すべきは、その手続きの「正確性」と「スピード」です。
通常、医療法人認可申請書は、行政（福岡県の場合は医療指導課など）へ仮申請し、膨大な修正・指摘を受けては再提出を繰り返すのが一般的です。経験の浅い税理士や先生ご自身で手続きを行う場合、このやり取りだけで数ヶ月を費やすことも珍しくありません。
しかし、平井公認会計士事務所で行った手続きは、行政から修正を一切指摘されずに「一発でOK」が出たことが何度もあります。
ある先生が医師会に「医療法人化したいが、どこか手続きに詳しい良い事務所はないか」と相談された際、医師会担当者から「本来、特定の事務所を勧めるのは良くないが、平井事務所は申請書の件数が多く、修正事項が極めて少ない。提出時期も非常に早いため、安心してお勧めできる」と太鼓判を押して頂いたこともあります。
設立後の「各種契約変更」まで徹底フォロー
多くの税理士事務所は「法人の設立登記」が終われば役目を終えたと考えがちです。しかし、本当の戦いはそこから始まります。当事務所では、以下のような周辺事項まですべて網羅的にフォローします。
- 銀行対応：法人口座の作成から、個人借入金の法人への引き継ぎ（債務引継）の銀行説明。
- 医師国保の継続（適用除外手続き）：医療法人は本来「協会けんぽ」が強制適用ですが、当事務所は社労士事務所と連携し、個人時代からの「医師国保」を継続するための健康保険被保険者適用除外手続きを確実に伝達・サポート。
- 設備・インフラの名義変更：X線の線量再測定の業者手配、クレジット端末の名義変更、オンライン資格確認コードの変更伝達まで。
- 生命保険の最適化：個人開業時の事業保障型保険を、医療法人契約へ切り替えるべきかどうかの精査。
上記のフォロー内容はほんの一例に過ぎませんが、これらの手続き等を漏らさずフォローすることで、先生は設立直後の混乱期でも、安心して診療に専念することができます。
私の原動力：教科書には載っていない「クリニック経営の生々しい苦悩」
私がなぜ、ここまでクリニック経営に情熱を注ぐのか。それは、私自身が「医療一家」の中で、経営の残酷なまでのリアルを見て育ってきたからです。
私の父は、私が1歳の時に19床の有床診療所を開業しました。45年にわたり地域医療を支え、現在は私の兄たちがそれを継承しています。私は、専門家の視点だけでなく、家族として、そして理事という経営陣の一人として、クリニック経営の「光」と「影」を共有してきました。
資金繰りの恐怖と孤独、そして承継の難しさ
「通帳に1,000万円ある。しかし、来週の借入返済と月末のボーナス支払いで一気に無くなる……」という胃がキリキリするような不安。これらは私の実体験としての感覚です。
そして今、私が最も力を入れているのが「事業承継」のサポートです。
- 親子の確執：子供に承継したものの、親への役員報酬や退職金を巡って親子が対立し、家族の絆が壊れてしまうケース。引退した親が生活に困るような状況は絶対にあってはなりません。
- 負の遺産の承継：いざ継承してみれば過大な借金があり、利益が出ない構造だった。そんな「継がなければよかった」という後継者の悲鳴も聞いてきました。
当事務所は、承継する側（親）と承継される側（子）、両者が経営状況を100％理解し、納得した上でバトンタッチができるよう、徹底的な情報の透明化と対話をサポートします。
親の代で安定的で収益性の高いクリニックにし、その経営状況を子が十分理解し、納得して承継すること。これこそが、私たちが提供する究極のコンサルティングです。
まとめ：顧問料は「経費」ではなく、クリニックを守るための「投資」
税理士への顧問料を、単なる「支払わなければならないコスト」と捉えるのは、もう終わりにしませんか？ 平井公認会計士事務所は、決して「安売り」をする事務所ではありません。
しかし、「先生の手元に残る現金を最大化し、経営の不安をゼロにし、次世代へ最高の形でバトンを繋ぐ」。そのための投資として、私たちは顧問料以上の価値を必ずお返しします。
もし、現在の顧問料に疑問を感じていたり、クリニックの経営や承継に不安を抱えておられるのであれば、ぜひ一度、私たちの「尖った」視点に触れてみてください。
【無料相談のご案内】
平井公認会計士事務所では、院長先生を対象とした初回無料相談（オンライン対応可）を承っております。
- 経営診断：現在の決算書から、改善点と節税の余地を即座に洗い出します。
- 役員報酬シミュレーション：法人・個人のバランスを考えた最適な報酬額を提示します。
- 医療法人成り・承継相談：行政から信頼される確かな実務に基づき、確実なロードマップを提示します。
福岡を拠点としておりますが、オンライン面談にて全国のクリニックに対応可能です。
先生が理想とする医療を実現し、安心して経営を続けられる未来を、私たちが数字で創ります。
※ 医科特化のため、歯科の先生は原則対応しておりませんのでご了承ください
(受付時間：９：００～１７：３０ 土・日・祝を除く)
