福岡県では「個人で1年以上」が申請の前提

「最初から医療法人で開業したほうが手間がかからないのでは」というご相談をよくいただきます。しかし福岡県では、医療法人設立認可申請の案内において、本申請の受付日時点で個人での医療機関の経営実績が1年以上あることが対象者の要件とされています。

つまり福岡県でクリニックを新規開業する場合、まず個人で開業し、実績を積んでから医療法人化するのが基本の流れになります。

認可要件は都道府県ごとに異なりますので、福岡県以外で開業される先生は、必ず開業予定地の都道府県の案内をご確認ください。

「1年以上」はいつから数える？あまり知られていない実務上のポイント

ここは、ほとんど知られていないポイントです。平井公認会計士事務所が福岡県で数多くの医療法人化手続きを行ってきた経験では、この「1年以上」は、個人診療所を開設するときに保健所へ提出する開設届に記載した「開設年月日」から、設立認可申請の本申請期限までで判断されているのが、令和8年10月現在の福岡県の実情です（あくまで実務上の取扱いであり、今後変わる可能性があります）。

個人診療所では、実際に患者さんの診療を始める日（いわゆる開院日）よりも、開設届の開設年月日のほうが前の日付になることがあります。開設届の日付けを開院日よりも前にしておくことで、開院前に進めておく必要がある「診療所としての手続き」が、前もってできるようになるためです。

医療法人設立には、実際の開院日ではなく、開設届に記載した「開設年月日」が見られます。

これを知らないと、法人化のチャンスを半年以上見送るという誤った判断をしてしまいかねません。

医療法人化を検討している先生は、ご自身のクリニックの開設届の控えで、開設年月日を確認してみてください。

開業当初から医療法人で始めたい場合

なお、最初から法人の形で開業したい場合は、既存の医療法人を承継（いわゆるM&A）して、その法人で新たに診療所を開設するという方法もあります。

ただしこれは設立ではなく承継の話になり、過去の債務や役員構成の引継ぎなど別の検討が必要です。

クリニックの承継については、「クリニック開業は新規か承継か迷っている先生へ：判断基準を会計士が解説」をご参照ください。

個人で開業してからのタイミングの目安

平井公認会計士事務所では、年間所得が1,500万円を超えてきたら医療法人化を検討する価値が高いとお伝えしています。

これは、先生ご家族の税金・社会保険料・手取りを個人と法人で比較したシミュレーションに基づく実務上の目安です（詳しくはコラム「クリニックを医療法人化するタイミング」をご覧ください）。

あわせて意識したいのが、原則として開業後2年間の消費税の免税期間（一定の条件で短くなる場合があります）です。

法人化の際には、個人が持つ医療機器や内装などを法人へ譲渡しますが、個人が消費税の課税事業者になった後だと、その譲渡に消費税がかかる場合があります。

自費診療の割合が高いクリニックほど影響が大きいため、「開業から何年目の、どの回の申請に乗せるか」を逆算して計画することが大切です。

特に時間がかかるのが財産目録と事業計画・予算書

都道府県に出す書類のうち、特に時間がかかるのが財産目録と事業計画・予算書です。

医療法人には、設立後に運営していけるだけの財産を拠出（法人に出資のように財産を移すこと）する必要があり、多くの自治体で「運転資金として、支出の2か月分程度の流動資産」が求められます。

この条件を実現するために、個人時代の決算書をもとに、どの資産を拠出し、どの負債を引き継ぐかを整理します。この作業は、当事務所のような医療法人化に精通した会計の専門家が関わることで、格段にスムーズになります。

税務署関係で期限に注意すべき書類

税務署関係では、次の期限に注意してください。

• 法人設立届出書：設立登記の日以後2か月以内
• 青色申告の承認申請書：設立の日以後3か月を経過した日と、第1期の事業年度終了日のいずれか早い日の前日まで
• 個人事業の開業・廃業等届出書：廃業した年分の確定申告期限まで

青色申告の承認申請は、第1期を短く設定した場合に期限が早まるため、特に見落としやすい書類です。

医師国保を法人化後も続ける場合

また、医師国保を法人化後も続ける場合の健康保険被保険者適用除外承認申請書は、事実発生日から14日以内の提出が必要です。

期限を過ぎると、やむを得ない理由がない限り協会けんぽへの加入となり、役員報酬が高い先生ほど保険料負担が大きく変わります。

医師国保は「設立認可の前」に加入していることが前提

ここで見落とされやすいのが、適用除外承認申請の前提です。

福岡県医師国民健康保険組合の案内では、適用除外申請ができるのは、原則として法人の設立認可前から医師国保に加入している方とされています。

個人開業のときに、以前の勤務先の健康保険を任意継続していたり、市町村の国民健康保険に加入していたりして医師国保に入っていない場合は、設立認可の前に医師国保へ加入しておく必要があります。法人化後に協会けんぽに加入してしまうと、そこから医師国保に移ることはできません。

また、医師国保に加入するには、医師会への入会が条件となっている地域もあります。その場合は医師会の入会金や会費がかかりますが、役員報酬に比例して保険料が上がる協会けんぽと比べて、医師国保のほうが保険料が安くなるケースが多くあります。

医師会の費用を含めて、どの程度のメリットがあるかをシミュレーションしたうえで、医師国保を継続するかどうか、つまり適用除外承認申請を行うかどうかを判断することが大切です。

福岡県の申請スケジュール（令和8年度第2回）

福岡県では、年2回、説明会を経て設立認可の申請を受け付けています。令和8年度第2回の予定は次のとおりです（出典：福岡県「令和8年度 第2回 医療法人設立の受付及び説明会の開催について」）。

なお、医科診療所で福岡県医師会の会員、かつ一人医師医療法人を設立予定の方は、県ではなく福岡県医師会への問い合わせ・説明会受講となる点に注意が必要です。

例年のスケジュールは、福岡県「医療法人設立認可申請について」で確認できます。第1回は例年5月頃に案内が始まり、12月下旬頃に認可書が交付されます。

認可から法人での診療開始まで

認可書を受け取った後は、次の順番で手続きを進めます。

1. ① 法務局で設立登記（この登記の日が法人の設立日）
2. ② 都道府県へ登記完了の届出
3. ③ 保健所で診療所の開設許可を受け、開設届を提出。同時に個人診療所の廃止届
4. ④ 九州厚生局へ保険医療機関の指定申請と、個人の保険医療機関の廃止届
5. ⑤ 税務署・都道府県税事務所・市区町村、年金事務所などへの届出
6. ⑥ 金融機関の口座、リース契約、各種契約の名義変更

第2回の申請であれば、認可書交付が3月下旬のため、医療法人としての診療開始は翌年度の4月以降になるのが一般的なイメージです。

令和8年9月から変わった「遡及指定」に注意

個人から医療法人に切り替えるとき、新しい保険医療機関の指定日を個人の廃止日に合わせる「遡及指定」を受けることで、保険診療を途切れさせずに続けられます。

この遡及指定の取扱いは、厚生労働省の通知（令和8年6月5日保医発0605第2号）により、令和8年9月1日から変更されました。

同じ場所で、個人の院長がそのまま理事長となる法人に切り替える場合は、新しい区分では「開設者のみの変更」として扱われ、管理者（院長）が同一であること、標榜診療科を引き継ぐこと、原則として開設者以外の職員を全員引き続き雇用することなどの要件を満たす必要があります。

九州厚生局は事前相談を求めていますので、九州厚生局の案内を確認のうえ、早めに相談しておくと安心です。

設立後に毎年必要になること

医療法人になると、毎会計年度終了後3か月以内に、都道府県へ事業報告書等を届け出るほか、令和5年8月以降に決算期を迎える法人からは、診療所ごとの経営情報等の報告も義務化されています（厚生労働省「医療法人に関する情報の調査及び分析等について」）。

設立時から、これらの報告に対応できる会計の仕組みを作っておくことが重要です。当事務所の医療法人化支援では、これらのことをすべて把握した上で、手続きを行います。

医療法人化の支援は27件、すべて予定どおりに認可

令和8年10月時点で、平井公認会計士事務所が支援した医療法人化は27件です。この記事を投稿した今現在も、2件のクリニックが法人化に向けて準備を進めています。

この27件という数字は、税理士事務所としてはかなり多い件数です。一般的な税理士事務所では、クリニックの顧問先が1件あるかないか、あっても2～3件というところも珍しくありません。

ましてや、医療法人化の手続きを一度も手がけたことがない事務所も多いのが実情です。

そのため、医療法人化のタイミングで、専門性の高い税理士事務所に顧問先を変更するクリニックも多いです。

これまで支援した設立認可申請は、すべて予定どおりの期限内に認可を受けています。書類の差し戻しなどにより、先生が希望された時期に法人化できなかったことは一度もありません。

福岡県では年2回しかない申請の機会を確実にものにすることが、医療法人化の成否を分けると考えています。

約50項目の「医療法人化チェックリスト」で漏れを防ぐ

医療法人化の手続きを請け負う士業の中には、「設立認可申請書の作成」だけを行うところも少なくありません。

しかし実際には、法人化の影響は医療機関コード、エックス線装置の届出や線量測定、クレジット端末の名義変更など多岐にわたり、銀行、リース会社、社会保険労務士、司法書士、設計会社、医療機器業者、医師会など、関係先は数十か所に及びます。

平井公認会計士事務所では、これらの関係各所に漏れなく連絡し、約50項目の独自のチェックリストで、先生ごとに一つひとつの進捗と完了日を管理していますので、安心して法人化をお任せいただけます。その一部をご紹介します。

特に、医療機関コードの扱いやエックス線の再測定、予定納税の資金準備などは、一般的な手続き解説ではあまり触れられず、実際に法人化した先生が「知らなかった」と困りやすいポイントです。

手続きがすべて終わった後は、提出書類一式をまとめた「法人化申請ファイル」を先生にお渡ししています。

このほか、個人と法人の手取り比較シミュレーション、拠出財産の整理と事業計画書・予算書の作成支援、社員・役員構成と役員報酬の設計（医療法人の「社員」は、株式会社でいう株主にあたる議決権を持つ立場です）、登記を担当する司法書士のご紹介まで、一貫して支援しています。

顧問税理士やコンサルタントに医療法人化支援を依頼する前に確認すべきこと

もし顧問契約している税理士事務所やコンサルタントに医療法人化を依頼することを検討される場合は、「認可申請書の作成だけなのか？ 法人化に伴う関係各所への連絡や届出までしてくれるのか？」を、事前に必ず確認することをおすすめします。

父の医療法人を間近で見てきた経験や、多くの医療法人化を支援してきた経験からお伝えすると、医療法人は設立して終わりではなく、10年後、20年後の承継まで続いていく「器」です。だからこそ、設立時の設計がその後の経営を大きく左右します。

この記事の著者

日本のクリニックが、安心して医療に専念できる未来を。

平井公認会計士事務所
公認会計士・税理士：平井 恵介

医療機関・クリニック専門の経営支援・会計事務所
（福岡県福岡市／オンライン全国対応）