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先生が知っておきたい一般的な税理士事務所と平井公認会計士事務所の違いとは？
- 2026.07.6｜クリニック経営 成功への道
医療法人を運営されている先生、これから開業や医療法人化を検討されている先生にとって、「どの税理士事務所と顧問契約を結ぶか」は、想像以上に重要な経営判断です。
税理士事務所であれば、どこでも同じような支援を受けられると思われるかもしれません。しかし実際には、医療機関の顧問実績や情報量によって、受けられるアドバイスの質に大きな差が生まれます。その結果、クリニック経営の安定度や先生の資産形成などに大きな差が生じることがあります。
よく「餅は餅屋」と言います。皮膚の病気を耳鼻科の先生に、心臓の病気を整形外科の先生に診てもらうことは、通常は考えにくいのではないでしょうか。それぞれの診療科には専門性があり、専門外の領域では十分な知見を発揮しづらいことを、先生方は誰よりもよくご存知だと思います。
実は、これは税理士選びにも同じことが言えます。医療を専門としない一般的な税理士事務所にクリニックや医療法人の税務顧問を依頼することは、いわば専門外の診療科に診てもらうことに近いのかもしれません。
本コラムでは、医科クリニックに特化した公認会計士・税理士事務所である平井公認会計士事務所が、一般的な税理士事務所との違いを、実際にご相談いただいた事例を交えながら具体的に解説します。
顧問税理士選びで迷っている先生、今の顧問契約に漠然とした不安を感じている先生は、ぜひ最後までご覧ください。
１．一般的な税理士事務所によくある特徴・課題
まず、医療機関を専門としていない、あるいは医療機関の顧問件数が少ない一般的な税理士事務所によく見られる特徴を整理します。
（１）医療機関の顧問件数自体が少ない
一般的な税理士事務所では、医療機関の顧問先が1件、2件というケースも珍しくありません。さらにその中身を見ると、耳鼻科が1件、整形外科が1件というように、診療科がバラバラに分散していることもあります。内科であっても、消化器内科と循環器内科では経営数値の傾向が異なるため、同じ「内科」という括りでも参考になる情報は限られます。
（２）人件費率や売上原価率の適正水準がわからない
クリニック経営において、「人件費率（院長報酬を除く）や売上原価率がどの程度であれば標準的で、どのラインを超えると注意が必要なのか」といった経営指標の分析は、経営判断における重要な指標です。
しかし、医療機関の顧問件数自体が少ない税理士事務所では、この「相場観」となるデータの蓄積が乏しく、先生に的確な水準を伝えられていないケースが少なくありません。
（３）経費になるものについての知見が乏しい
一般的な税理士に財務会計を依頼したクリニックで、税理士から本来なら経費になるものでも「これは経費になりません」と断られるケースがあります。経費にできないということで大幅に税金の支払いが増え、当事務所に相談された先生もいます。
知見の乏しい税理士の中には、AIでの分析結果を基にアドバイスするところもあると聞きます。その場合は、クリニックの経営情報がAIのデータベースに流れていっていることも意味します。
（４）配偶者の役員報酬について相場観がない
医療法人の理事である奥様の役員報酬をどの程度に設定すべきかも、医療機関の顧問実績が少ない事務所では判断材料が不足しがちです。
実際に、医療経営に日頃から従事し、貢献をしている奥様の役員報酬について「月30万円でも多い」と言われたというご相談を受けたこともあります。
（５）医療法人化の手続きサポートが手薄
医療法人化の手続きには、都道府県や保健所、厚生局などとのやり取りが多数発生します。医療法人化の経験が少ない税理士事務所では、こうした手続きの多くを先生ご自身やご家族に任せてしまうケースが見られます。
（６）日々の経理入力を先生側にさせる
領収証をエクセルなどに仕訳入力する作業を、先生やご家族に依頼している税理士事務所も少なくありません。診療だけでも神経と時間を使う先生にとって、この負担は決して小さくありません。
（７）診療報酬改定など医療経営に直結する情報提供が乏しい
税務処理そのものは提供していても、診療報酬改定や医療DXなど、経営に直結する情報提供までは手が回っていない事務所も見られます。
２．平井公認会計士事務所との違い
上記を踏まえ、平井公認会計士事務所がどのような支援を行っているか、比較表とあわせて解説します。
| 比較項目 | 一般的な税理士事務所 | 平井公認会計士事務所 |
|---|---|---|
| 診療科ごとの実データ | 顧問先が少なく、同一診療科の比較材料が乏しい | 約100件の顧問先データを保有し、同一診療科の複数比較が可能 |
| 経費の判断 | 経費になるものを経費扱いしてくれないことも | 経費にできるものをアドバイス |
| 配偶者の役員報酬 | 相場観がなく、一律に低く抑える傾向 | 職務内容に応じて柔軟に提案（月80万円の設定例もあり） |
| 医療法人化の手続き | 先生・ご家族による対応が中心になりがち | 印鑑証明書の取得と履歴書作成程度で、大部分を事務所が代行 |
| 記帳代行 | 先生側での入力（自計化）が前提のことが多い | 領収証はクリアファイルに入れるだけで、入力まで事務所が対応 |
| 診療報酬改定への対応 | 税務処理が中心で、改定内容の説明までは手が回らないことも | ベースアップ評価料など改定内容を踏まえた賃金設計まで提案 |
| 医療DXの情報提供 | 税務中心で情報提供の対象外になりやすい | 自動精算機・WEB問診など導入実績のある機器情報も共有 |
以下、特に差が出やすいポイントを詳しく解説します。
（１）診療科ごとの実データに基づくアドバイス
平井公認会計士事務所では、約100件の顧問先データを保有しており、同じ診療科の顧問先を複数抱えています。そのため、「この人件費率は標準的」「この売上原価率はやや高め」「これは経費になる」といった判断を、実際のデータや経験に基づいてお伝えすることができます。
（２）配偶者の役員報酬についても柔軟な提案
平井公認会計士事務所が顧問を務める医療法人では、理事である奥様の役員報酬を月30万円から、高い方だと100万円を超えるケースもあります。
奥様が医師や看護師など医療資格を有し実際に医療業務に従事しているか、非医師として経理・総務などの管理業務を担っているかによって、適正な水準は異なります。
当事務所では、奥様のこうした職務内容の違いを踏まえたうえで、税務上のリスクと医療法人の経営安定性の両面から、柔軟にご提案しています。
（３）医療法人化のアドバイスはもちろん、手続きはほぼお任せいただける
当事務所では、先生に医療法人化のメリットとデメリットをお伝えしつつ、個人クリニックの先生の手取りや資産形成、ワークライフバランスなどを考慮して医療法人化をおすすめしています。
医療法人化の手続きにおいて、先生や奥様にしていただくことは、基本的に個人の印鑑証明書の取得と、履歴書の作成程度です。都道府県や保健所、厚生局とのやり取りは、当事務所が窓口となって進めます。
（４）記帳代行を基本スタンスとしている
当事務所では、先生の限られた時間を、診療やスタッフとの向き合いに使っていただくため、経理の記帳を引き受けることを基本スタンスとしています。
現金払いの領収証も、ノートへの貼付は不要です。
領収書をクリアファイルに入れて送っていただくだけ、仕訳や入力作業は当事務所ですべて完結させます。
（５）診療報酬改定など医療経営に直結する情報提供
2026年度の診療報酬改定では、「外来・在宅ベースアップ評価料」の対象職種が拡大され、これまで対象外だった事務職員や、40歳未満の勤務医・歯科医師も新たに対象に加わりました。
ベースアップ評価料によって得られた収入は、対象職員の賃上げに充てる必要があり、月々の給与にどの程度反映するか、賞与にどの程度反映するか、その配分方法は、クリニック経営に大きな影響を与えるテーマです。
しかし、医療機関の顧問実績が少ない税理士事務所では、この制度自体に触れられていないケースも見られます。実際に、「ベースアップ評価料」という言葉自体をご存知なかった先生もいらっしゃいました。
当事務所では、こうした診療報酬改定の内容を踏まえたうえで、賃金制度への反映方法についてもあわせてご提案しています。
制度の詳細は、厚生労働省の特設ページ「令和8年度診療報酬改定におけるベースアップ評価料等について」でも公開されています。
（６）医療DXに関する情報提供
AIによるカルテ入力、自動精算機、自動釣銭機、WEB問診など、クリニックのDX化は年々進んでいます。特に受付事務の人手不足は深刻な課題であり、少ない人数でも運営できる体制づくりが欠かせません。
当事務所では、実際に導入が進んでいる機器メーカーの情報なども、顧問先の先生方へお伝えし、業務改善などにお役立ていただいています。
３．実際にご相談いただいた際に見えてきた課題
平井公認会計士事務所には、他の税理士事務所から乗り換えをご検討中の先生から、数多くご相談をいただきます。その中で見えてきた課題を、匿名化したうえでご紹介します。
- 医療機関の顧問先が少ない事務所では、人件費率や売上原価率の「標準」「異常」を判断する材料自体を持っていないケースが多く見られます。
- 医療法人化の手続きにおいて、奥様が県や保健所、厚生局に何度も電話や訪問をされ、多大な労力をかけていたケースがありました。
- 領収証のエクセル入力を先生やご家族が担っており、日々の診療に加えて大きな負担となっていたケースもあります。
- 診療報酬改定の内容について、事務所側からの説明が一切なかったというお声もいただいています。
こうしたお話を伺うたびに、税理士選びが先生の時間や労力、そして経営判断の質に直結していることを実感します。
４．どんな先生に医療専門の税理士「平井公認会計士事務所」が向いているか？
当事務所は、もちろんクリニック専門なので、クリニックを個人もしくは法人で経営していることがご相談いただくための条件となります。次のようなことをお考えの先生は、平井公認会計士事務所が向いています。
- クリニックの経営を黒字化・安定化させて、年収を増やして資産形成したい先生
- 医療法人の運営や、これから医療法人化を検討している先生
- 分院展開や事業承継など、将来を見据えた経営判断をしたい先生
- 日々の経理業務にかける時間を減らし、診療に集中したい先生
- 診療報酬改定や医療DXなど、経営に直結する情報を積極的に得たい先生
こうした先生には、医療機関に特化した税理士事務所との顧問契約が特におすすめです。
５．平井公認会計士事務所に相談するタイミングとは？
次のような先生は、当事務所までお気軽にご相談ください。ご相談は無料です。オンライン対応で全国のクリニックのご支援が可能です。
- 税理士から経営アドバイスが「経費を減らしましょう」などと当たり前のことしか言ってもらえない。専門家の視点からのアドバイスが乏しい
- 医療法人化のタイミングを聴いたら、その場で適切なアドバイスが得られなかった
- クリニックがなかなか黒字化しない、もしくは利益が残りにくい、年収が増えないのにアドバイスが無い
- 経理業務の手間から解放されたい
税理士によっては、「月次決算の書類をメールで送ってくるだけ」という事務所もあるようです。クリニックの競合が増え、開業規制も始まり、経営が厳しくなることが予想される現在では、先生に身近な税理士が経営参謀として機能していないことは、とても危険なことですから、すぐに当事務所までご相談ください。
６．まとめ：税理士選びが、クリニックの未来を左右する
税理士事務所は、どこも同じように見えて、実際には医療機関の顧問実績や情報量によって支援の質に大きな差があります。特に、人件費率や役員報酬の相場観、医療法人化の手続き対応、診療報酬改定への対応などは、医療機関の顧問実績が少ない事務所では十分なサポートが難しいのが実情です。
平井公認会計士事務所は、医科クリニックに特化した公認会計士・税理士事務所として、約100件の顧問先データと、25件の医療法人化支援実績を有しています。「今の顧問税理士に不安がある」「医療専門の視点でアドバイスがほしい」とお考えの先生は、ぜひ一度ご相談ください。
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先生の理想の医療と経営の安定を、医療専門の視点でサポートいたします。まずはお気軽に無料相談をご利用ください。
※ 医科特化のため、歯科の先生は原則対応しておりませんのでご了承ください
(受付時間：９：００～１７：３０ 土・日・祝を除く)
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医療法人を運営したり、医療法人化を検討している先生は、どのような税理士と顧問契約をするかは重要なテーマです。実績のある医療法人専門税理士を選ぶことは基本ですが、記帳代行や、役員報酬や人件費、設備投資などを数字に基づいたアドバイスをしてくれることなども大切です。顧問税理士の選び方を、できるだけ具体的に解説します。
