① 「数字の読み上げ」しかしてくれない

毎月の試算表の報告が「今月の売上はこれくらいで、利益はこれくらいです」という過去の結果の読み上げだけに終始していませんか？

「このままだと今期の納税はいくらになる」「人件費率が業界平均と比べて高い」など、未来への提言や他院との比較分析が一切ない場合は要注意です。

② 医療専門の知識が薄い

クリニックには医療法人固有の税務や、診療科ごとの収益構造の違いがあります。

代表的なものとして「社会保険診療報酬の所得計算の特例」があります。この特例は、租税特別措置法第26条（個人開業医向け）および第67条（医療法人向け）に規定されており、一定の条件を満たす医師・医療法人が、社会保険診療報酬（保険診療の収入）に係る必要経費を実際の経費ではなく概算で計算できる制度です。

この制度を活用することにより、概算経費よりも実際の経費が少ない場合は節税効果が生まれます。こうした医療特有の論点を顧問税理士が把握していない場合、本来受けられる税務上のメリットを享受できていない可能性があります。

③ レスポンスが遅い、担当者がよく変わる、引継ぎができない

「メールを送っても数日間返答がない」という状態では、迅速な経営判断のサポートは期待できません。クリニックの経営は、医療機器の購入や役員報酬の改定など、スピーディーな意思決定を求められる場面が多々あります。

平井公認会計士事務所では、ご質問に対して即答が難しい場合でも、「ご質問を受けた」旨のメールをその日中にお送りします。そのうえで、税法や行政機関に確認し正確な情報をお伝えします。確認に時間を要する場合は「回答の期限はございますか？」とお聞きし、先生のスケジュールに合わせて対応します。

また、担当体制の問題も見逃せません。税理士事務所の中には担当者が一人しかおらず、その人が退職すると顧問先の情報がゼロになるケースが少なくありません。

引継ぎが不十分なまま担当者が変わり、毎回一から説明しなければならないという先生のご不満は、まさにこの「属人化」問題に起因しています。

平井公認会計士事務所では、顧問先1件に対して所長・シニアマネージャー・マネージャー・スタッフの4名一組の担当体制を組んでいます。複数名が常に状況を把握しているため、担当者の変更や退職があっても支援の質が落ちることはありません。

さらに、顧問先ごとの打ち合わせ内容や経営課題は、「マイコモン」というシステムを活用して記録・共有しています。これはクリニックのカルテに相当するもので、過去の相談履歴や意思決定の経緯が一元管理されています。

一般の会計事務所では担当者の個人メモや個人PCにしか記録が残っていないケースも多く、担当変更のたびに顧問先の知見がゼロになる属人化が起こりやすい状態です。当事務所ではそのようなことは一切起こりません。

④ 医療法人化・事業承継の相談に対応できない

「医療法人化を検討しているが、今の税理士は対応したことがないと言われた」「事業承継の出口戦略を相談しても、具体的な提案がない」という場合は、クリニック経営の重要局面において頼れるパートナーがいないことを意味します。

医療法人化は、クリニックの利益や節税、先生の資産形成に大きく関連するものですから、医療法人化の提案ができない税理士は、クリニックの支援者としては致命的だと言えます。

平井公認会計士事務所では、2026年5月時点で医療法人化（医療法人成り）の累計支援件数は25件を超えており、現在も2026年中の認可申請に向けて3件の手続きを並行して進めています。

福岡県の医療法人化認可申請は年2回しか受け付けられていないため、スケジュール管理と書類の精度が非常に重要です。

当事務所が対応した申請は、行政から修正指摘を受けることなく一発でOKが出たことが何度もあります。

この実績は、医師会の担当者から「立場上、特定の税理士事務所を勧めるのは本来控えるべきだが、平井公認会計士事務所は申請件数が多く、修正事項が極めて少ない。提出時期も非常に早い」と評価いただいたことにも表れています。

⑤ 役員報酬の設計が「なんとなく」で決まっている

役員報酬は、医療法人の法人税と院長個人の所得税・住民税の双方に影響する重要な数字です。

毎年、「昨年と同じでいいですか？」という確認だけで決まっているようであれば、法人と個人を合わせた手残りの最大化は期待できません。

クリニックの利益などを確認しながら、役員報酬を適切に提案できる税理士ですと、先生の理想実現や資産形成に大きく貢献できます。

理由① 引継ぎデータが最もシンプル

事業年度の途中で変更すると、前任の税理士が作成した途中までの会計データを新しい税理士が引き継ぐ必要があり、仕訳の整合性確認や期中データの再検証など、余分な作業が発生します。期末での交代であれば、前年度の確定した決算書と申告書一式を受け取るだけで済むため、引継ぎが圧倒的にスムーズです。

理由② 節税対策が期初から講じられる

新しい税理士に変更した最初の事業年度の「期初」から関与してもらうことで、役員報酬の設定、設備投資のタイミング、経営セーフティ共済の活用など、その年度全体を俯瞰した節税対策を講じることができます。

経営セーフティ共済とは、中小企業倒産防止共済制度のことです。掛金が全額損金算入できるため節税になります。なお、個人事業主のみ加入でき、医療法人では加入できません。

決算直前の変更では、当期の有効な節税手段はほとんど残っていません。

理由③ 医療法人化を検討中なら「申請スケジュール」を逆算できる

医療法人化の認可申請は、都道府県によって申請受付時期や回数が異なります。福岡県の場合は年に2回です。

医療法人化を検討している先生は、その申請スケジュールから逆算して税理士変更のタイミングを考える必要があります。

例えば、認可申請の12ヶ月以上前に新しい税理士と契約できると、事前の事業計画の精査から申請書類の作成まで、余裕を持った準備ができます。

【まとめ】変更の最適タイミング

ステップ１：新しい税理士の選定と面談

変更を決める前に、まず次の税理士の候補をリストアップし、面談で確認してください。面談では以下の点を必ず確認しましょう。

• 医療専門（医科）の顧問実績は何件あるか（診療科別の実績があれば尚良）
• 医療法人化・事業承継の実績は？（福岡県であれば認可申請の実績件数を確認）
• 記帳代行に対応しているか（先生の事務負担を増やさないために重要）
• 役員報酬のシミュレーションを複数パターン提示してくれるか
• オンライン面談・相談に対応しているか
• 顧問料の内訳（記帳代行料や決算料が別途かどうか）

面談は遠慮なく複数の事務所に依頼してください。新しい税理士候補との面談が「探偵行為」のように思えて気が引ける先生もいますが、現在の税理士にその事実を伝える義務はありません。

ステップ２：顧問契約書の解約通知

新しい税理士との契約方針が固まったら、現在の顧問税理士への解約通知を行います。

顧問契約書には通常「解約の申し入れは○ヶ月前までに書面で行う」という条項があります。まず顧問契約書を確認し、解約通知の方法と期限を把握してください。一般的には1～3ヶ月前までの書面通知が多いですが、事務所によって異なります。

顧問契約書の確認が不慣れな方は、新しく顧問契約をする税理士に確認してもらう方法もあります。

解約を伝える際は、長年お世話になったことへの感謝を十分にお伝えした上で、「今後の医療経営の方向性を考慮した結果、変更することにいたしました」と、できるだけ丁寧にお断りすることをお勧めします。

経営者としての合理的な判断ですから引け目を感じる必要はありませんが、誠実な関係の幕引きは、地域の医療業界においてもご自身の信頼に繋がります。

【注意】口頭のみの通知は後でトラブルになることがあります。

解約の意思は必ず書面またはメールで証跡を残してください。

ステップ３：引継ぎ資料の受け取り

解約が決まったら、前任の税理士から以下の資料を必ず受け取ってください。これらはすべて、先生（または医療法人）の財産です。

特に重要なのが会計データの受け取り方です。紙やPDFでの引継ぎは、後任税理士が再入力する手間が生じ、引継ぎに余分な時間とコストがかかります。CSVなどの生データでの受け取りを強く求めてください。

生データの受け渡しに難色を示す税理士も実務上少なくありませんが、そのような姿勢は顧問先の利益を最優先に考えているとは言えません。

なお、e-TaxおよびeLTAX（地方税ポータルシステム）のID・パスワードについても、再取得は可能ですが、過去の申告情報や届出内容を確認するためには引継ぎが最も確実です。

ステップ４：新しい税理士への引継ぎ・情報共有

ステップ３で受け取った資料を新しい税理士に渡し、以下の内容を面談でしっかり共有してください。

• 現在の経営課題（資金繰り、人件費率、借入状況など）
• 近い将来の予定（医療機器の更新・購入、分院展開、医療法人化、承継の予定）
• 役員報酬の現状と、家計上の資金ニーズ
• 過去に税務署から指摘を受けた事項があればその内容
• 使用している会計ソフトや給与ソフトの種類

最初の面談でできるだけ多くの情報を共有することが、早期に経営支援の質を高めるための最短ルートです。

ステップ５：税務署・行政機関への「税務代理権限証書」の提出

税理士が変更になると、新しい税理士は税務署に「税務代理権限証書」を提出します。これにより、税務署からの連絡窓口が新しい税理士に切り替わります。この手続きは新しい税理士が行いますので、先生が直接税務署に出向く必要はありません。

注意点① 決算期末直前の変更は避ける

決算月の2～3ヶ月前に変更すると、新しい税理士は不完全な期中データを引き継いだまま決算作業に突入することになります。仕訳の見直しや資料確認に時間を取られ、肝心の節税対策を講じる余裕がなくなります。

決算月の6ヶ月以上前に変更を完了させることが理想です。

注意点② 「前任税理士とのトラブル」は新しい税理士に正直に伝える

「前任の税理士と費用面でもめた」「会計データの受け渡しを拒否された」という場合は、早めに新しい税理士に相談してください。

税理士間の資料引継ぎに関するトラブルは実務上まれなことではなく、経験豊富な税理士は対応策を知っています。

注意点③ 税務調査中の変更は慎重に

税務調査が進行中（または調査通知が届いている）の場合は、原則として調査が完結するまで税理士を変更しないことをお勧めします。

調査中の変更は調査官との引継ぎが複雑になり、不要な混乱を招く可能性があります。

注意点④ 「安さ」だけで選んだ税理士への変更は本末転倒

「今の税理士は高い」という理由だけで、医療専門の知識や経験が薄い税理士に変更することは、長期的に見て大きな損失になることがあります。

顧問料の安さよりも、「医療専門の実績があるか」「数字に基づいた提案をしてくれるか」「医療法人化や承継まで対応できるか」を重視して選んでください。顧問料はクリニック経営を守り、先生の資産を増やすための「投資」です。

注意点⑤ 会計ソフトの変更を急がない

新しい税理士が、今までとは別の会計ソフトを使っている場合、「今すぐ移行してほしい」と急かされることがあります。

しかし、会計ソフトの移行には相応の時間と労力がかかります。十分な引継ぎ期間を設けた上で移行計画を立てることをお勧めします。

事例① 「数字を見てもらっているだけ」から「経営を診てもらう」へ（内科・個人クリニック）

福岡市内の内科クリニックを経営するA先生から相談をいただきました。

A先生が依頼していた税理士は、「毎月試算表を持ってきてくれるが、何の説明もなく置いていくだけ。決算のたびに多額の納税を告げられる。事前に何か対策を一度も提案してもらったことがない」とのことでした。

当事務所で過去3年分の決算書を拝見したところ、租税特別措置法第26条（社会保険診療報酬の所得計算の特例）の適用が適切になされていないほか、経営セーフティ共済（倒産防止共済）の未加入や、院長夫人への給与（青色事業専従者給与）の設定が適切ではないことも判明しました。

決算期末に合わせて顧問変更を行い、翌年度からはこれらの対策を順次実施。結果として年間の納税額が数百万円単位で大幅に改善され、A先生は「これほどの差があるとは思わなかった」とおっしゃっていました。

事例② 医療法人化の直前に「実は対応できない」と言われた先生（整形外科・個人クリニック）

整形外科クリニックを経営するB先生は、所得が1,500万円を超えたタイミングで医療法人化を決意し、長年の顧問税理士に相談したところ「医療法人化の申請は対応したことがない」と言われました。既に認可申請まで1年を切っているタイミングでした。

当事務所にご相談いただき、即座に申請スケジュールを確認の上、契約を締結。事業計画の精査から定款（医療法人の目的・活動内容などを定めた基本規則のことです）の作成、都道府県への認可申請書類の作成まで一括して対応し、無事に予定どおり医療法人化を完了しました。

当事務所が対応した医療法人化の申請は、これまでに行政から修正指摘を受けることなく、一発でOKが出たことを何度も経験しています。

事例③ 事業承継を機に顧問税理士を変更した理事長先生（内科・医療法人）

親から医療法人を承継したC先生は、承継時に前任の税理士から提示された退職金の算定に疑問を持ち、当事務所にセカンドオピニオンとして相談に来られました。

精査の結果、前任の税理士が退職金の功績倍率を保守的に設定していたため、本来の適正範囲内で支給できる退職金を大幅に下回っていることが判明しました。

功績倍率とは、役員退職金の適正額を算定する際に使用する倍率で、「最終報酬月額×在職年数×功績倍率」で計算します。

当事務所で根拠となるエビデンスを構築し直した上で、承継手続きを引き継ぎ、退職金の適正化によって先代理事長の手残りが大きく改善されました。承継後はC先生の医療法人の顧問としてサポートを続けています。

この記事の著者

平井公認会計士事務所
公認会計士・税理士：平井 恵介

先生のクリニックが、安心できる数字の基盤の上で発展し続けることを、心から願っています。

医療機関・クリニック専門の経営支援・会計事務所
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